坂井知季（梶裕贵 配音）是一名初中二年级的学生，因为在童年时代偶然看到了富士谷要一（樱井孝宏 配音）精彩绝伦的跳水姿势而对这项运动产生了兴趣。进入中学后，知季加入了学校的跳水队，和他一起挥洒汗水的，有沉默寡言不善言辞的冲津飞沫（中村悠一 配音）、好胜心极强性格非常坦率的大广陵（逢坂良太 配音）和头脑冷静略微有些神经质的丸山礼次（内山昂辉 配音）。 一天，队里来了一位名叫麻木夏阳子（名冢佳织 配音）的新教练，她告诉队员么，如果跳水队无法得到参加奥运会的资格的话，就将面临解散的命运。
很久以前，无人居住的山里建立有人类最新的研究中心 某日，研究用的main computer突然拥有自己的意识而暴走，人类费尽千辛万苦阻止了暴走，取回了和平……看起来是这样的 回到和平生活的人们，为了预防敌人再次暴走袭来，而准备了巨大萝卜，并选出战士们进行训练，某日，这一天终于来临了 站在袭来的敌人们面前的队伍，就是特命战队Go Buster！！ 他们的战斗，现在开始！
