林动为了从百朝大战中脱颖而出，带着同伴小貂、小炎深入危机四伏的远古密藏寻找机缘。经历重重艰险后，他击败了宿敌林琅天，在四宗殿的青龙殿获得殿主的武学传承，还获得生死转轮丹，帮助小貂重塑了身体。此后，林动又通过挑战超级王朝参赛者以提升自己积分排名的方式，成功获得了百朝大战冠军之战的参赛资格，并在万众瞩目中再次将林琅天彻底打败。然而，心存不甘的林琅天却与潜伏在百朝大战战场上的西玄域奸细勾结，启动封天阵图要夺走百朝大战所在的远古战场，并将林动等人置于死地。最终，林动带领众多参赛者，齐心协力破解西玄域阴谋，捍卫东玄域利益。林动因此成为百朝大战冠军，并加入超级宗门中的道宗。
快乐的暑假开始了，启人（津村真琴 配音）为了扫墓来到了风光秀丽的冲绳，在海边，他和阿海（佐伯鹏 配音）一起救下了一位名为美波（三石琴乃 配音）的少女，后者遭到了数码兽的攻击，这些数码兽的目标，似乎是美波所携带的一台笔记本电脑，在电脑里究竟隐藏了怎样的秘密？让启人感到意外的是，美波的遇险催生了数码宝贝石狮兽（津久井教生 配音）的诞生，它的使命为何？ 启人发现，在风靡全球的电子宠物V-Pet背后，隐藏着一个惊人的秘密，贪婪邪恶的曼法斯兽企图通过虚拟的数码兽摧毁人类世界，实现它建立数码世界的野心。面对强大的对手，启人和朋友们该何去何从？
