看破虚假，击退伪装，终至神之奇迹。 这就是我们奇迹调查官的义务—— 天才科学家平贺，与古文书暗号解读专家罗伯特。 两人是一对好搭档，是梵蒂冈所属的“奇迹调查官”—— 那是对来自全世界的奇迹的真伪进行调查与判别的秘密调查官。 在为调查而造访的地点遇到的不可思议事件——浮现的圣痕、流泪的玛利亚像。 在判定奇迹的真伪过程中，突然发生的奇怪事件—— 天才神父组合的事件簿，开幕！
总学生人数为5万4千人的私立萨修诺学园，采从初等部、中等部到高等部一贯教育系统。所以，在这学园内有著多到数不完的社团活动，而其中最让人感觉奇异的社团，便是“英雌部”。 英雌部的一切活动，均是在暗地里进行，旁人皆不得而知，因此在学园内的风评不佳。但是，从一位品学兼优运动万能的美少女东云知花为开头，社团内充满著个性美少女。这些女同学，将刚进入高等部的少年三船传助，强迫其加入社团。人生平淡无奇的传助一加入后，开始了艳遇、爱情、麻烦接踵而来的学园生活，就此开演……
