物理学家海因茨·施奈德遇害事件的重大嫌疑犯爱丽丝被黑道悬赏了巨额赏金。 女性赏金猎人娜蒂在墨西哥遇到爱丽丝，但她不是来逮捕爱丽丝的，而是奉主雇的要求来保护爱丽丝的。 爱丽丝要去南方的故乡，娜蒂决定陪伴爱丽丝一同前进，但是大路前方，是赏金猎人里卡多、神秘少年L.A的埋伏，而娜蒂的主雇茱迪小姐，也似乎有所隐瞒。学者道格拉斯·罗森伯格则按兵不动，似乎一切都在他的计划之中。 魔女的传说，路途的危机四伏，娜蒂与爱丽丝能到达她们的目的地吗？
主人公水野贵弘过去在日本的马上长矛比武中所向披靡，于是为了测试自己的实力而到了国外留学进而参加更多大赛。在一次的大会中意外的受伤而导致败北，而后也从马上长矛比武引退，转修骑士辅助人员。 又到了将近马上长矛大赛的时期，为了培养出优秀的骑士，水野贵弘以辅助员的身份在学校中遇到了形形色色的高贵的大小姐们。 曾经受挫的骑士化作今日的骑士辅佐员，和少女骑士一起去拉开这持久激烈的战斗。
公元2307年，地球的化石燃料枯竭了。经过将近半个世纪的建设后，建成了全长5万千米、以3条轨道升降机为中心的太阳能发电系统。为了建造出这个能制造半永久能量的巨大建筑物，世界形成了3个巨大的国家联盟：以美国为中心的“世界经济联盟”，通称UNION；以中国、俄罗斯、印度为中心的“人类革新联盟”；新欧洲共同体AEU。由于轨道升降机过于巨大，防卫变成了十分困难的任务。但各国军队依然为了自己的威信与繁荣进行着大规模的zero-sum game（任何一方都得不到好处的竞争）。这样的世界，要为其花上句号的组织出现了——拥有机动战士高达的“天人”私人武装组织。他们为了消除世界的纷争，展开了超越民族、国家、宗教的作战行动。高达驾驶员刹那•F•清英决心改变这个世界。
