平凡的高一学生陆水银,喜欢校内第一的大小姐陆怜。 但陆怜突然不可思议地被诱拐到盗墓游戏的世界中, 追着她的水银也在美少女向导双子星的邀请下前往那个世界。 之后,他接过已被加以百亿课金的终端。 水银为了守护陆怜,成为游戏世界最后的“守墓人”,参加与“盗墓者”之间的攻防战。 在战斗的途中,他们的秘密也逐渐揭晓——。
收复玉龙国、打败天地盟主之后,神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长,黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心,元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡(玄天邪帝),并且开始了对玉岛国(玉龙国的姊妹国)进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援,没想到南宫逸不在家,反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来,玉龙国元首知道了这件事,马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天,一场正邪大战又开始了......
在与暗之科学王国的战斗之后,千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价,成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击,千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程! 千空与杰诺决定短暂联手,结合彼此的知识,共同逼近那令人憎恶的「光」的真相! 为了拯救人类的未来,千空将与伙伴们携手,全力开拓属于他们的「科学之道」!!
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。