《东京食尸鬼第三季》混杂于群众之中,以人类的肉为食。拥有人类的形态,却与人类不同的存在……“喰种”。对“喰种”进行驱逐、研究的CCG,为了达成某个命题,而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。并非“正经人类”的他们,与佐佐木琲世一等搜查官一起在“东京”面对的事物究竟是——!?
动画舞台设定在1999年、14岁的明智安娜从2027年穿越回1999年的真未来市、在那里她结识了同为14岁、憧憬成为名侦探的少女小林未来、两人目睹了幻影怪盗团夺走人们珍贵之物、令众人陷入困扰的情景后决定挺身而出,变身为名侦探光之美少女。
住之江圭太是个临近高中升学考试的初中三年级男生。他在小时候由于父亲再婚,而和可爱的双胞胎姐妹·亚香和理香成为了姐弟。尽管没有血缘关系,三人也关系和睦地一同成长,但不知从何时开始,亚香和理香却似乎对圭太产生了恋情。看似是个认真的人、实际上是闷骚类型的亚香,以及虽然说话很冷淡、内在却很积极的理香。被两人所逼近的圭太,陷入了并非是由于应考学习所导致的、另一种意义上的困境。