活佛济公2的故事由画中仙、疯女劫、血魔出世、万应佛堂、雪女传说、木马缘、双退婚、鬼郎君贞洁牌坊等9个单元组成。
自小在深宫长大的嘉南郡主姜保宁,虽然无忧无虑却深知宫墙内毫无自由可言,不愿做宫墙内的提线傀儡,于是凭借自己的聪明才智,反抗沦为宫斗工具的命运;禁军侍卫出身的李谦为了解开一桩多年前的真相,努力在宫中谋求高位,只为得到相关的线索。两个性格天差地别的人机巧相遇、互生情愫,为了扭转自身的命运共同努力,期盼突破身份的壁垒,与所爱之人相携一生。
1992年,哈尔滨731陈列馆工作人员小金在整理史料时,发现这段历史的记录残缺不全,为寻找真相,他踏上了一场跨越数十年的跨国取证之旅,逐渐还原出那段被尘封的黑暗岁月真相。故事采取双时间线叙事,镜头回到日军侵华期间的哈尔滨,通过几个当事人的视角,深刻揭露日军731部队残酷的人体实验和泯灭人性的暴行,鞭笞日本军国主义的反人类本质,凸显中国人民坚韧的抗争精神。