机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
青木大介（间岛淳司 配音）是一个个性朴素，面对女性有些还有的普通男子，身为教师的他目前任教于一所小学。不知为何，就是这样一个无比平凡的人，居然被班上有名的问题儿童九重凛（喜多村英梨 配音）看上了，性格奔放泼辣的她当即决定，这辈子非青木老师不嫁。 为了追求青木，凛设计了许多作战方案，但在两个损友镜黑（真堂圭 配音）和宇佐美美（门胁舞以 配音）的“帮助”下，这些作战均以失败告终。不仅如此，在学校里，还出现了宝院京子（田中凉子 配音）这一强大的情敌，一时之间凛如临大敌。在打闹之间，本来对凛感到十分头痛的青木竟然逐渐的开始在意起凛的一举一动来，这差距甚大的两人最终能够走到一起吗？
2011年，从一个约定开始。2017年，这是我们共同的奇迹。阔别六年再飞行，这一次麦当、咕咚和笛亚在木星遭遇有史以来最大危机，矛盾重重，生死一线，麦当一行能否突出重围？
