柯姆是一名经验丰富功夫了得的保镖，负责贴身保护一身份十分尊贵的富商。然而，在一场意外的暗杀之中，富商不幸中弹死去。柯姆为此陷入了深深的自责之中，虽然富商的妻子明白柯姆并未失职只是这悲惨的结局无法避免，但富商的儿子却始终不愿意原谅柯姆，将他开除了。 之后，这名血气方刚的少爷成为了仇家下一个想要暗杀的目标，所幸他躲过了杀手强大的火力袭击，隐姓埋名留在了贫民区，养精蓄锐要为死去的家人复仇。在此过程中，柯姆也在不坚持不懈的寻找着少爷的踪迹，最终他们两人冰释前嫌，并且联手开始一起寻找真正的罪魁祸首。
上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
