黑尔是故事主人公的名字。在核战争爆发后，人类是面临灭绝的危险而致不孕。黑尔接受了救助在突变体首领后宫里育龄妇女的任务。他无法逃脱，因为他的私处连接了一个炸弹。
上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
电影分为十六章，科学详细地介绍了当下男女流行的堕落生活，如何混进派对、派对时怎么追求女生（男生）、如何叫酒、怎样吸毒能够获得最多的快感……，片中娓娓道来，配以科学实验，令人信服地指引了时尚男女的堕落之路。
