当艾伦释放出巨人的终极力量时,世界的命运岌岌可危。怀着消灭所有威胁艾尔迪亚的人的强烈决心,他率领一支不可阻挡的巨人大军向马莱进击。
“信号塔大战”后,熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城,找寻缩小器的回家之路更是状况频出,但他们从未放弃希望,最终与小动物们合力拯救小镇,呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
主角大狼十三自小被组织捡养,并成为传说级杀手。某次任务中,他遭到神秘生物兵器刺中,竟意外变回中学生的模样,从此开始了国中生活……
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。