沧元界妖邪作乱，人族饱受摧残，主角孟川自小立下为母复仇的誓言，以镜湖道院为起点，凭借坚毅无畏的心志与利落果决的刀法身手，惩处奸恶，溃灭妖族，登顶四大道院，名满东宁府，拜上元初山，成就一代神魔。
故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
五河士道（岛崎信长 配音）是一位平凡的高中生，一次偶然之中，他邂逅了名为十香（井上麻里奈 配音）的精灵。精灵是来自于异世界的物种，虽然有着足以迷惑人类的可爱外表，却亦拥有着能够毁灭世界的可怕能力。 然而，精灵有着一个十分巨大的弱点，那就是害怕被他人讨厌，因此只要同她们约会，就能轻易的击败这群强大的种族。而士道则恰恰拥有这一关系到人类命运的能力，于是，士道置自己的性命于危险之中，开始了和十香等精灵们的约会。与此同时，一群想要将精灵除之而后快的危险分子亦在暗中接近着士道，而精灵们的存在，使得一个关乎到世界存亡与否的秘密渐渐浮出水面。
作为系列最终章的本次剧场版，将描绘挑战世界的遥等人。主角一行人所前往的新舞台，是过去曾经造访过的雪梨。在展开旅途之前的休息期间，遥偶然遇上了与曾在日本选拔大会中对战的选手，并展现了自己的斗志。而在雪梨的大赛中，来自各方的选手们将展开激烈的竞争。
喜羊羊、灰太狼与一众小羊组成的守护者队进入篮球顶级赛事决赛，但却意外地败北，团队分崩离析。 虽然各散东西，但对篮球的热爱和对冠军的渴望让大家再次组队，参加新一届大赛，然而这次的对手更强大，他们面临更大的挑战！
