从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化,之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑,天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明,要跨越这科学史上的200万年!”。 在这走投无路的状况中,千空寻找着伙伴,决心取回原先的世界!