故事发生在战国时代,普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者,在父亲的劝说下,他离开家乡摄津,进入当时一流的忍者学园学习。在学校,他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子,为人迷迷糊糊,对吃尤为感兴趣;雾丸则是身世贫苦的孤儿,为人精明,贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友,他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然,以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物,乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编,改编成动画时,因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
在与暗之科学王国的战斗之后,千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价,成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击,千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程! 千空与杰诺决定短暂联手,结合彼此的知识,共同逼近那令人憎恶的「光」的真相! 为了拯救人类的未来,千空将与伙伴们携手,全力开拓属于他们的「科学之道」!!
原本期望能成为魔法少女的女主柊舞缇娜,某天突然遇到像吉祥物的生物,获得能变成邪恶组织女干部的能力,并与原本憧憬的魔法少女们对抗。
作为系列最终章的本次剧场版,将描绘挑战世界的遥等人。主角一行人所前往的新舞台,是过去曾经造访过的雪梨。在展开旅途之前的休息期间,遥偶然遇上了与曾在日本选拔大会中对战的选手,并展现了自己的斗志。而在雪梨的大赛中,来自各方的选手们将展开激烈的竞争。