自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
当艾伦释放出巨人的终极力量时,世界的命运岌岌可危。怀着消灭所有威胁艾尔迪亚的人的强烈决心,他率领一支不可阻挡的巨人大军向马莱进击。
屹立于瑞拉王国中央的魔法学院,是所有孩子们的梦想之地,故事便发生在这所神奇的学院中。森川大法师的女儿美星进入魔法学院学习后,结识了小樱、美烁、明杰、郝男等,大家成为了好朋友一起学习生活。突然有一天,学院里的心石和美星父亲森川大法师一起消失了,为了寻回心石,还父亲清白,美星与伙伴们踏上了寻找之路。