进入三月，第三学期也剩下一个月。麻衣的毕业典礼这一天终于来临。 “叔叔，你是谁？” 咲太在七里滨海岸等待麻衣时，酷似童星时代的麻衣的小学生出现在他面前？ 另一方面，花枫事件之后就分开住的咲太父亲来电…… “你妈妈说，她想见花枫一面。” 无法接受花枫发生的事件而长年住院的母亲传达“想见她一面”的心愿…… 家人的羁绊，新思春期症候群的征兆──
以海贼王为目标的少年蒙奇·D·路飞，将索隆、娜美、乌索普、山治、乔巴、以及Nico·罗宾加入了新的伙伴，继续航行。这时，在他们身边，巨大的船从天空落下。路飞们避开掉落的船，得救了。在令人吃惊的他们的身边被风吹到的“星巴邦”的地图，那是对天空之地“空岛”的地图。但是，突然天空突然出现了一个巨人的影子。摸索到空岛的路飞们在杰亚遇到了海贼勃朗峰·克里特。板球是400年前成为绘本的“骗子诺兰”的不光彩的探险家的子孙。但是，板球的祖先诺兰不是说谎，而是真的去了空岛。作为证据，路飞们知道了在航海日志中描绘的冲击的事实。然后，路飞们知道，作为去空岛的唯一线索，必须要被细菌海流吞噬。穿过强烈的海流的目的地，是在云上岛上存在的神之国·斯基亚。在喜悦的草帽一伙中出现了空之骑士·福尔和天空的居民科尼斯。但是，那里是被称为全能神的艾尔支配的国家…。 《海贼王》空岛特别篇将在富士电视台播出。本次特别篇将重制《海贼王》经典之章《空岛篇》，并加入全新的原创内容，将空岛篇扩展到2个小时的长度，“雷神”艾尼路将再次登场。
由于委托很少，毛利侦探事务所门可罗雀，小兰不得不精打细算，小五郎也整日靠看自己上节目的录像打发时光。某日，小五郎收到一件神秘包裹，却对柯南和小兰隐瞒再三。正在这时，一通神秘电话打入事务所，柯南接听，却发现竟是一通搭错线的恐吓电话。小五郎对此全不上心，而柯南对此念念不忘。对方的声音与服部平次颇为相似，于是他请来服部一同调查。他们按照与事务所相近的电话号码逐一打去，终于发现一个姓岩爪的宝石商人和恐吓电话有关。他们赶到岩爪的公寓，得知警方已经先行到达，不久更知晓怪盗基德似乎也与此案有关。真相究竟如何？
