故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
年轻人史奇对自己的技巧有点儿骄傲，他将成为外科医生，他认为能把妹妹从痛苦中解脱出来，虽然其他医生觉得手术太昂贵和无效果。…但史奇最后还是失去了妹妹。在车祸后，双手动不了的他变得抑郁，而现代科技起不了作用。他去了喜玛拉雅山来找寻前人，谣传他医术高明。他发现前人帮不上忙，前 人告诉他先治愈好心灵，才能治愈好身体，要冲破心灵障碍，别相信眼见为实，史奇接受了古怪的身体训练，可他情况变得更糟糕…前人病了，随从莫多想继承魔法大师的职位，因此他视史奇为对手。同时，妖法高深莫测的邪灵Dormammu扬言离开监禁后，会为祸人间。在敌人的敌人就是朋友的理论下，追求权力的莫多也许和Dormammu联手。究竟史奇能否做好准备，及时阻止他们？
