自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
月落和亚晨是一对双胞胎兄妹,他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生,被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格,一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在,被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见,各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子,而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵,试图夺取他们的力量,因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
某日,有一封信来到了从红魔村归来的和真一行人手中。 上面写着,王女爱丽丝想听打倒了魔王军干部的和真一行人的冒险故事。 与作为护卫兼教育担当的库雷娅和蕾茵相伴来到阿克塞尔的王女爱丽丝,本以为与和真小队的会面能平稳结束,但—— “还能多跟我讲些冒险故事吗?” 王女爱丽丝,竟对和真念念不忘!? 当和真再次睁开双眼,此时竟身在王都! 但是,正在此时,王都发生了义贼暗暗活跃的事件——!?
突然出现的“鬼兽”以压倒性的力量开始攻击人类,城市被摧毁,绝望笼罩着人们,在所有人都快要放弃的时候,有一个影子迎战鬼兽!“你们这些家伙,惹到我了!!”人类面前出现了一丝希望,那竟然是一只鸡!