故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际，天下公认的领袖——神农帝去世，金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中，少年拓拔野横空出世，在机缘巧合下得到了神农帝临终传承，开始了一段惊心动魄的传奇历程。
风宫库洛自幼和父亲过着相依为命的生活，哪知道，有一天，这唯一的依靠也不告而别，只留下高筑的债台，需要库洛来偿还。为了还债，库洛来到了债主白龙院家，他将在那里担任男仆的职务，用劳动来抵债。白龙院家的少爷米斯是一个性格古怪充满了恶趣味的人，他给身为男性的库洛穿上了女仆的制服，以此为乐，并且不断的骚扰着库洛，令后者十分苦恼。 弗雷是米斯同父异母的弟弟，两人虽为兄弟，却亦是白龙院家主地位的竞争者。和飞扬跋扈的米斯不同，弗雷看上去安静而又温顺，可实际上，他内心里的算盘打得十分精明。弗雷和米斯同时爱上了库洛。
主角大狼十三自小被组织捡养，并成为传说级杀手。某次任务中，他遭到神秘生物兵器刺中，竟意外变回中学生的模样，从此开始了国中生活……
令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
《熊出没·奇幻空间》则继续围绕“森林”做题目，讲述熊大、熊二和光头强与金鹿角守护者——鹿族女孩协力保护金鹿角，击垮反派，最终让森林复苏的故事。
