该故事扩展了宝可梦的世界，讲述春绘是神奇宝贝度假村的新进礼宾部专员，她渴望为神奇宝贝客人提供他们所要求的最有趣、最宁静的假期。然而，在她做到这一点之前，她必须学会如何放松自己。
少女小说家的高代槙生在姐姐夫妇的葬礼上，面对被亲戚们互相推诿的姐姐的遗孤·朝无法视而不见，顺势决定收养她。但是把侄女带回去之后，不善交际的槙生才发现自己不适合和谁一起生活。于此相对，不认生的朝面对“不像大人的大人”的槙生却也坦率的接受了。女王和如小狗般侄女就此展开了同居生活……
进入三月，第三学期也剩下一个月。麻衣的毕业典礼这一天终于来临。 “叔叔，你是谁？” 咲太在七里滨海岸等待麻衣时，酷似童星时代的麻衣的小学生出现在他面前？ 另一方面，花枫事件之后就分开住的咲太父亲来电…… “你妈妈说，她想见花枫一面。” 无法接受花枫发生的事件而长年住院的母亲传达“想见她一面”的心愿…… 家人的羁绊，新思春期症候群的征兆──
21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现，GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。 几经寻找后GUTS队员们终于找到金字塔，但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护，但三个巨像已被破坏剩一个，队员·大伍的战机也被击中，且逃生装置失灵。在危急关头，大伍突然化成光，和最后一个的石像结合。光之巨人“迪加”因此而复活，并与两大怪兽展开了战斗……
奥创回归将带来更大威胁，据悉泽莫男爵、邪恶大师、征服者康、异人族也会出现。美队、钢铁侠、奇异博士、惊奇女士等也在展开动画版内战！
