魔法老师涅吉

　　这个「国家」正隐瞒着什么——自从在“地下”的激战结束后，森罗他们知晓了「传教者」的野心。他们的目的是集合所有「安德拉爆炎」的拥有者，重现贰佰伍拾年前发生的大灾难，毁灭世界。身为安德拉爆炎的拥有者，森罗已被传教者盯上，但他仍在为了阻止传教者的目的而持续行动着。与拥有「安德拉爆炎」的少女相遇，以及，被皇国隐藏起来的，「天照」背后的巨大秘密。因火焰而疯狂，同时又被火焰所引导的少年，正一步步接近真相。

　　一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，与朋友们一起来到了数码世界，在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是，在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而，为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界，他们将要努力地收集水晶（Code Crown）来保护各个领域（Zone），担负起拯救数码世界的命运。
　　被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽，经过东京大决战留在人类世界一天后，相对地数码世界已经过了好几个月的时间，并落入了巴古拉军支配下的地狱世界，分裂为七个国家（Land），由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治，而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外，本篇章亦出现全新力量“超进化”。
　　与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学，并与大器组成“Xros Heart”的篮球队，过着悠闲的生活，而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天，明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。