元朝末年，群雄纷起，武林动荡。江湖传闻，得到屠龙刀倚天剑者，可以成为武林至尊，号令天下，莫敢不从。一时间风云四起，引发了武林中对屠龙刀倚天剑的争夺，几段姻缘和孽缘也由此产生。武当派张翠山与天鹰教殷素素因屠龙刀相遇相恋，最后亦因屠龙刀被正派人士所逼迫，双双自尽。他们的儿子张无忌长大成人后，机缘巧合下练成了绝世武功“九阳神功”和“乾坤大挪移”，成为了明教教主。张无忌与元朝郡主赵敏、峨嵋派周芷若、表妹殷离和婢女小昭都有着千丝万缕的爱意。然而，看似柔弱的周芷若，却是个十足的“腹黑女”，她为了获取倚天剑屠龙刀的秘密，不惜杀害殷离，陷害赵敏。张无忌虽看清了周芷若真实面目，但仍割舍不下她。其后，张无忌化解了武林种种恩怨，辞去教主之位，与赵敏寄迹蒙古。
张翠山和殷素素因无意中卷入了屠龙刀的纷争，被迫流落到极北大洋的荒岛，并在那里生下了一个儿子，取名为无忌。他们与金毛狮王谢逊一同度过了几年在荒岛上的平静生活。但当无忌九岁时，随着父母回到中土，他们却被江湖人士追杀。父母为了保护谢逊和屠龙宝刀的下落，选择了自刎身亡。无忌自己则因受到玄冥神掌的伤害，寒毒入侵体内，面临生死存亡的挑战。 尽管经历了这一切，无忌却泰然处之，不为父母报仇，也不畏惧死亡。他从十二岁开始在蝴蝶谷求医，到十四岁出谷，虽然经历了不少江湖风浪，但依然过得自由自在。直到十四岁时，他护送杨不悔去昆仑山寻找父亲，才真正踏入了江湖之中。在江湖中，无忌历经千辛万苦，曾救治过许多武林人士，却也遭受了背叛和恩将仇报的伤害。尽管他经历了种种挫折，但他依然坚强勇敢。在一次意外中，他进入了一个群山环抱的翠谷，成为了一个世外桃源。在那里，他意外获得了失传已久的武功秘籍《九阳真经》。
花满楼为陆小凤好友，出身于医学世家，自幼因病盲目，但有着高超的武功，和异常敏锐的听觉与嗅觉。 绣花大盗屡犯奇案，京城为之轰动。陆小凤被友所激追查此案，花满楼助之，二人终查出绣花大盗乃名捕金九龄，满楼与之打斗时檀香剑客杀出，刺死金九龄灭口。 西方圣教入侵中土武林，派卧底到中原各大门派，陆小凤、花满楼、西门吹雪察觉，并助各门派铲除奸细，三人更组织中原众高手一同深入楼兰。期间，小凤对薛冰的痴缠不胜其烦，却爱上风尘女子晶晶；满楼亦暗恋晶晶，但知其心仪小凤后黯然退出。晶晶本为圣教圣女，但她因恋小凤而不欲争教主之位。冰祖母薛夫人为救小凤而亡，使冰对凤心死。 中原另有一神秘隐形人组织与圣教暗中较劲，金九龄与檀香剑客均为其旗下杀手。隐形组织偷去圣教圣物罗剎令，使玉罗刹教主地位不保，并引起教中内斗。小凤等几经艰苦到神秘岛探查，得知隐形人组织首领为流云居士，其武功高深莫测，小凤与其契女牛肉汤施假婚之计才得以脱身。 某夜忽有女子潜入花家，被满楼察觉，女子自言名为慕容双，被歹人追杀，满楼相救。双深得花母好感，满楼也渐渐对双心生爱意。 吹雪妻子孙秀清被檀香剑客所伤，不治身亡。吹雪在小凤与檀香剑客打斗之时冲出，杀死檀香剑客报仇。岂料檀香剑客竟是满楼兄长花月楼，满楼悲痛欲绝。 冰离开花家独自飘摇，后偶遇流云，流云对冰悉心照顾，使冰感动，以身相许。 圣教长老日月二圣造反，欲废玉罗刹教主之位。晶晶为助玉罗刹平叛，勉为其难继任教主。小凤密探西方教坛，发现晶晶身份，大受打击，离晶晶而去，晶晶伤心不已，玉罗刹始道出她乃晶晶生母。 小凤等向中原武林公开流云的身份，流云约小凤公开决斗。小凤处下风之时，牛肉汤舍身相救，比武因而延期。西方圣教与隐形组织的争斗愈演愈厉，玉罗刹率众血洗珍宝岛；流云继而派人攻陷罗刹洞。玉罗刹约流云有所了结，原来二人曾有一段情，流云为晶晶生父。玉罗刹落毒欲同归于尽，岂料流云逃过大难，玉罗刹身死。 小凤与流云决战之期，全武林人士在旁观战。小凤施展绝技“凤舞九天”，将流云打落悬崖，流云经海底暗潜回珍宝岛。当夜雷雨交加，满楼与双双洞房花烛。暴风雨中海啸爆发，珍宝岛陆沉，流云、冰、牛肉汤均葬身大海。 小凤往楼兰寻晶晶，见其在神坛祈福，教众俯首，自知二人已无可能，返回中原继续其浪子生活。
一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？
