斋森美世虽出身异能者名门,却不像妹妹有珍稀的“见鬼之才”,从小遭父亲蔑视,并饱受继母和妹妹欺凌。斋森家为了政策联姻,将美世许配给异能者久堂清霞。此人虽才能卓越却性格冷酷,已被多任未婚妻解除婚约,美世初到久堂家时更只得到清霞冷淡对待,但善良的美世渐渐打动了漠然的婚约者。
一天,工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤,与朋友们一起来到了数码世界,在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是,在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而,为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界,他们将要努力地收集水晶(Code Crown)来保护各个领域(Zone),担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽,经过东京大决战留在人类世界一天后,相对地数码世界已经过了好几个月的时间,并落入了巴古拉军支配下的地狱世界,分裂为七个国家(Land),由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治,而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平,工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外,本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年,天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学,并与大器组成“Xros Heart”的篮球队,过着悠闲的生活,而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天,明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。
仙乐国太子谢怜接连被贬后第三次飞升成仙,却不慎破坏了神官们的金殿,无人供奉的他只能下凡除鬼来换取功德作为补偿。在凡间的历练中,谢怜结识了两位来帮助他的小神官,并认识了诡王花城,四人一同解决了一件件诡谲的事件,并逐渐接触到了看似光鲜亮丽的仙界众神官的黯然往事。
监国独揽朝政,漠北大军来势汹汹,岐国独木难支,且看李星云如何带领不良人绝地反击!