恶棍们想利用龙的生命力为非作歹，两个来自不同世界的少年用他们新获得的忍者力量保护龙免受侵害。
日本各地出现了异空间「魔都」── 由于只有女性能从魔都的「桃」得到特异的能力， 因此便由女兵组成了「魔防队」。 某一天， 过着抑郁生活的男高中生──和仓优希 不小心闯进了突发性产生的魔都入口， 在那里，遇到了「魔防队」第七组的美丽队长──羽前京香， 而她竟向优希宣言：「我要你当我的奴隶。」
ゲームと医療で人々を救う平成仮面ライダーシリーズ「仮面ライダーエグゼイド」のVシネマ版3部作の第3弾。劇場版「仮面ライダーエグゼイド トゥルー・エンディング」から2年後の世界を舞台に、悪の根源・檀黎斗が放つ新たな脅威に立ち向かうライダーたちの活躍を描く。新ガシャット「ゴッドマキシマムマイティX」を手にした檀黎斗が仕かける最後のゲーム「ゾンビクロニクル」により、世界中が大パニックに陥ってしまう。強大なパワーを得た黎斗を止めるカギの存在に気付いた貴利矢は、正宗から託された言葉を胸に、たった1人でゲンムに立ち向かう。
