故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
这是一个魔物和人类共存的世界，长久以来，魔物们都隐藏在黑暗中不被人类知晓，然而，“种族间交流法案”的颁布和实施让这个初看有些可怕但实际上人畜无害的种族走出了幕后，走入了人类社会。 来留主公人（间岛淳司 配音）是一个性格温吞没有坏心眼的平凡男子，法案的颁布彻底改变了他平淡的生活。活泼开朗大大咧咧的半蛇人米亚（雨宫天 配音）、个性呆萌整日里迷迷糊糊的鹰身人帕皮（小泽亚李 配音）、高贵典雅重情重义的人马珊卓雷雅（相川奈都姬 配音）、存在感微弱有着双重性格的史莱姆族丝（野村真悠华 配音），这些可爱的人魔娘们接二连三的光临来留的家中，充满了欢笑的同居生活就此拉开序幕。
当初为了避开巨人的进攻，人类修建了地下街道，不过这项企划很快废止，地下街最终成为贫民与无法之徒的栖息之所。利威尔（神谷浩史 配音）和法兰是一对好朋友，他们自行学会了立体机动装置，渴望有朝一日沐浴在阳光雨露之下。偶然的机会他们救助了被人追杀的女孩伊莎贝尔，伊莎贝尔则恳求二人教她使用立体机动装置。在此之后，他们被神秘政客召唤，要求执行一项绝密任务，以赢得地面居住权。行动中他们遭到调查团的追捕，埃尔文·史密斯（小野大辅 配音）欣赏利威尔等人的实力，于是将其招入调查团中。 三个少年如愿走上地面，不过他们仍没忘记未完成的任务…
