本片是以地球人与瓦肯人的“第一类接触”事件为背景，将重心放在《星际迷航之下一代》电视系列剧中的大敌『博格人』。 企业号正在宇宙空间做例行巡航时，舰长皮卡特接到密电，称博格人已联合其他星系的力量，准备向地球发起攻击。由于舰长皮卡特曾受敌方俘虏并同化，星际舰队对其不很信任，故没有派其出战。皮卡特不顾命令，仍然参与战斗，之后企业号跟随博格人的时间漩涡回到21世纪，以阻挡博格人试图改变人类的外星发展史达到征服地球的企图。
超级人工智能“智体”即将引爆全球核弹危机，把世界推向毁灭边缘。而伊森·亨特（汤姆·克鲁斯 饰）和他的IMF小队在上次行动中遭遇重创，团队濒临分崩离析。虽然伊森已获得关闭“智体”的钥匙，但要彻底消灭“智体”，完成这一拯救全人类的终极任务，仍需要IMF小队齐心协力突破重重困难。他们不仅要面对全知全能又无影无形的“智体”与其手下盖布瑞尔（埃塞·莫拉雷斯 饰）的百般阻拦，还要解决来自过去的种种恩怨。每个抉择都关乎信念与命运，等待伊森和IMF小队的，究竟是怎样的结局？
重案组探员寇派克•麦斯（威廉•鲍德温 William Baldwin 饰）迎来了混乱的一天，先是一大早就被女友芮塔（萨尔玛•海耶克 Salma Hayek 饰）划清界限赶出家门，又因不良记录贷款无望，麦斯因职责所在为在大街上中流弹的律师凯蒂（辛迪•克劳馥 Cindy Crawford 饰）做笔录，岂料对方也是个尖牙利嘴的狠角色。当晚麦斯发现白天的记录不完备，只得赶赴凯蒂家中，居然遇到凯蒂家中爆炸，麦斯与持枪歹徒一番混战救下凯蒂，由此卷入了间谍团伙的追杀。原来凯蒂近期带离的一桩民事案件，涉及一艘船的归属，而该船是国际间谍团伙用于水底窃听的设备，于是遭到团伙追杀。在一流间谍团伙的追杀下，麦斯无法请求支援，只能依靠自己的力量保护凯蒂，并为殉职的同事报仇。
