在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
容姿端麗！ スタイル抜群！ 川井モナは、息をするようにモテる女!! しかし、そんな彼女に見向きもしない転校生・黒岩メダカの登場で、 モナの学校生活は一変する！ 「今までずっと、チヤホヤされて生きてきたのに!!」 あの手この手でメダカをオトそうと大奮闘！ 時にはちょっぴりカゲキなことも!? モテ女子×禁欲男子のラブコメディ、大勃発――!!
在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。 另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化…… 与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
