随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
主人公是在学校没有立足之地，把自己关在家里的中学生·Kokoro，有一天，房间里的镜子突然发光了，Kokoro像被吸入了一样穿过镜子，发现前方有一座像城堡一样的不可思议的建筑物，里面聚集着和Kokoro有着相似遭遇的7个人。城堡里隐藏着秘密的钥匙，找到了那个钥匙的人，什么愿望都能实现。
在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。 另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化…… 与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
《神澜奇域无双珠》原班人马，打造全新仙侠奇诡之作！六个日夜，一桩奇案，重回十二年前的少年，这次能否打破神国的枷锁？
