「光明之心」的故事始于某一天，一位神秘少女辉夜在温达利亚岛的海岸上被男主角里克发现，其后更发现她的记忆和感情均已失去，而通过与岛上居民进行心灵交流，辉夜也一点点地取回了感情。与此同时，本身和平的温达利亚岛却引来了大量的海贼，原来这些海贼的目的都是想拿走辉夜颈上戴着的灵石。为了帮辉夜取回她的记忆和感情，同时也为了再次恢复温达利亚的和平，同样因为某种原因漂流到了温达利亚，并在岛上的魔法面包屋工作和生活着的里克，决定与一同在面包屋工作的三位女主角蕾丽丝、艾亚丽及亚米露一同展开冒险之旅。
你是否想过，在霓虹璀璨的都市之下，潜藏着来自古老神话的怪物？你是否想过，在那高悬于世人头顶的月亮之上，伫立着守望人间的神明？你是否想过，在人潮汹涌的现代城市之中，存在代替神明行走人间的超凡之人？人类统治的社会中，潜伏着无数诡异；在那些无人问津的生命禁区，居住着古老的神明。炽天使米迦勒，冥王哈迪斯，海神波塞冬……而属于大夏的神明，究竟去了何处？在这属于“人”的世界，“神秘”需要被肃清！
