名门木叶学院转入一个神秘的转校生漩涡鸣人，就此一段忍者们的校园生活展开了。
时值19世纪，在英国名门贵族凡多姆海伍家，有一位神秘、优雅、十全十美的执事，他就是“黑执事” 塞巴斯蒂安。虽然塞巴斯蒂安总是淡淡地说： “我只是一名执事罢了”，但举止、知识、品味、料理、武术等等没有任何事能难得倒他！塞巴斯蒂安的主人，是年仅12岁就位居凡多姆海伍家族的当主——夏尔。夏尔不仅只花了短短3年的时间，就让凡多姆公司成为英国最大的零食玩具制造商，更在台面下为女王执行秘密任务，因此又被称为“邪恶贵族”！塞巴斯蒂安除了负责照顾谢尔的日常生活起居之外，还得帮成事不足、败事有余的家仆们收拾善后。最重要的是，塞巴斯蒂安必须因应谢尔各种任性的要求，优雅达成不可能的任务！“身为 凡多姆海恩家的执事，怎能连这点小事也办不到？”为了主人夏尔，塞巴斯蒂安将尽心服侍、实现主人所有的愿望。
故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现，GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。 几经寻找后GUTS队员们终于找到金字塔，但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护，但三个巨像已被破坏剩一个，队员·大伍的战机也被击中，且逃生装置失灵。在危急关头，大伍突然化成光，和最后一个的石像结合。光之巨人“迪加”因此而复活，并与两大怪兽展开了战斗……
