这是[古惑仔情义篇之洪兴十三妹]的延续篇。反映澳门极其阴暗的一面，既一片繁荣之后的人心茫茫，影片故事略显松散，吴君如再度饰演古惑仔经典人物“十三妹”，欠缺新意。因为父亲患上了帕金森症，使离开澳门十七年的十三妹（吴君如饰）重回旧地，临危受命接掌家族生意，其实所谓家族生意就 是澳门繁荣的黄色事业 对黄色事业一窍不通的十三妹，希望得到旧日友人的帮助，但她渐渐发现昔日老友指天椒、Johnny、甘神父等人也有极大转变，十三妹内心更觉彷徨。回归后的澳门经济上渐有起色，连带黄赌事业均蓬勃发展，但人心却反被欲望蒙闭。面对澳门人和事的变迁，十三妹满心感慨......
南宋年间，通古县前任县令为了一己私利，利用“河神”为幌子暗中掳掠儿童，百姓惶惶不安，在其蛊惑下纷纷相信用孩童祭祀“河神”可以平息灾祸。宋慈受命来到通古，向百姓一再申明祭祀河神纯属无稽之谈，并保证一定会查出事情真相，他的到来使得老县令感觉到了威胁。在老县令的授意下，其党羽对宋慈阳奉阴违，并暗中施以压迫，企图神不知鬼不觉的将宋慈了结。在一波接一波的危险降临在宋慈身上时，孩童还在不断失踪，这使得老百姓对宋慈失去了信任，逼宋慈赶紧祭河神。宋慈顶着多方的压力，抽丝剥茧地调查，利用自己高超的法医学手段让尸体“开口说话”，逐渐锁定了真凶，并发现了背后的巨大阴谋。最终，宋慈不惜以性命相搏将真凶绳之以法。
