该剧改编自清闲丫头所著同名小说。故事延续第一部的剧情，讲述三法司少年团联手“攘外”，将一个个看似毫无关联的案件抽丝剥茧、扎根串联，护百姓安宁，更守家国平安的故事。
乾隆46年，时任祟文门税官的钱沣与运送皇纲的浙江巡抚王亶望发生争执，此事引起乾隆皇帝对甘肃捐监案的诸多疑虑。钱沣一路颇多风险，刚到兰州差点被人发现行踪，他和和珅、铁图商议，决定不动声色私访。雪奴假扮灾民博得钱沣同情，会唱戏的胭脂为弄到捐制册接近甘肃藩司王廷赞。 为灾民钱沣闯进总督府，但无法证明自己。蒋全迪欲加害钱沣，幸陕甘总督勒尔谨赶到。 一计不成，蒋全迪王廷赞怕贪赃之事败露，暗派雪奴和江湖人士独眼狼前往杀害钱沣。其时雪奴对钱沣己有好感，在行刺时暗救钱沣，由此逃过一劫。 钱沣由蒋全迪王廷赞陪同查看粮仓，意外的是粮仓满仓。无奈之下， 钱沣到永登县找到昔日的学友拗相公华杨，但正直的华扬这时异常冷淡，令钱沣空手而回。 在北京， 闽浙总督陈辉祖奉旨将王亶望软禁， 王亶望拒不交待，花言巧语，私下又派小妾吴卿怜到兰州，想法拖住钱沣。这日，钱沣赶至臬司衙门，质问蒋，王，但无实据无奈回到行辕。随后钱沣放出风声，言明众官员奉公守法，勤政爱民，自可回京复命。远在京城的王公大臣因多年收受王亶望好处，乾隆帝察觉不对，终下决心赐钱沣”倚天钦差”，严查甘省捐监贪污案。 奉旨钱沣将蒋全迪王廷赞关进牢房，将他们强借百姓的粮食悉数归还，正在加紧审查时，吴卿怜拿出一万两银票，令雪奴找人杀害钱沣。雪奴无奈，一面和独眼狼联系，一面暗中解救钱沣。并把钱沣带至郊外的卧龙岗，在这里两人互吐爱慕之情。说服雪奴钱沣回到兰州，终令众官员服法。惟有蒋全迪拒不交待捐制册下落。但在京城的王公大臣加害钱沣，乾隆帝迫于压力只得将钱沣招回押进天牢。受此拙折， 钱沣在牢中渐悟出皇帝深意。 不日，乾隆帝召集百官，表扬华扬为民负重，是个好官。谁知华扬坦诚曾收受贿赂，自请入监。由此乾隆帝命阿桂将甘省官员再次关押，查抄家产。当钱沣重任钦差来到杭州，王亶望自知事态严重，私下请闽浙总督陈辉祖极力周旋，以美色金钱拉拢钱沣。 当钱沣来到王府，意外的是王亶望正为其母办丧， 钱沣不顾一旁雪奴的哀求要求开棺验尸，并将王亶望收监，抄其家产。但王府所查家产并不如钱沣想象的丰厚，为套出家财下落， 钱沣有意与吴卿怜亲近。但吴卿怜忠于其夫，坚不吐出藏银地点。 钱沣眼见官场奢侈之风，渐渐浸染其中，在迷楼流连忘返，当终于查出王亶望藏银，眼见如此巨额珍宝，贪污之念暗生。而雪奴眼见钱沣的转变，恨其不争，愤而出家当了尼姑。而胭脂在解救吴卿怜时，被独眼狼误杀， 钱沣感其真情侠意。 将王亶望家财押回北京， 钱沣升官加爵，受到乾隆帝大力表扬，并将吴卿怜赐赐予他。大喜之日，吴卿怜望着红光满面的钱沣，在心里暗暗祈愿，惟愿他清官为人，别再像前夫王亶望般落个悲凉下场。
外表风光无限的堂上综合医院，实际上正经历着经营等方面的困境。在这里，本应“救死扶伤”的医生们似乎忘记了自己的职责与医德，醉心名利，惮于担当，明哲保身，如是弊端重重，正将这家医院推向万劫不复的深渊。这一天，名叫相良浩介（泽村一树 饰）来到此地。他是曾在大学医院供职十余年、有着三千次开刀经历的外科医师，丰富的从艺经验、阳光向上的开朗性格加上崇高无上的医德，让他成为广大患者的福音。泽村精湛的医术很快一起医院内外的关注，而以森山卓（高岛政伸 饰）医生为首的一众“寄生虫”则视其为眼中钉。白衣天使的明争暗斗，关乎荣誉与私利的对决……
幼时的一场意外让瀚宇（陈晓东 饰）结识了慕妍（唐艺昕 饰），两人之间产生了纯洁的感情，他们是彼此为自己最信赖的朋友，之后，他们踏上了各自的人生旅途，再无交集。在一场慈善晚会中，瀚宇和慕妍再度相遇，曾经懵懂的感情升华成为了炙热的爱情，屡遭命运戏弄的两人终于跨越了千山万水走到了一起。 然而故事并没有就此结束，千金大小姐范昀（毛林林 饰）一直暗恋着瀚宇，对于半路杀出的慕妍充满了嫉妒的情绪。为了阻止慕妍和瀚宇在一起，范昀设计了种种陷阱诡计，陷害慕妍于不义之中。在慕妍最痛苦和困难的日子里，是程昕（徐正曦 饰）一直默默守候在慕妍的身旁，他希望这个善良坚强的女孩有一天能够看到自己对她的感情。
