故事紧接着上一季，通过一场精心策划的大爆炸，沃尔特（布莱恩·科兰斯顿BryanCranston饰）终于除掉了长久以来的威胁古斯塔沃（吉安卡洛·埃斯珀西多GiancarloEsposito饰），也将古斯塔沃一手建立的毒品帝国连根拔起。然而，“事业”上的成功并没有为沃尔特带来太多的快乐，因为他和妻子斯凯勒（安娜·古恩AnnaGunn饰）之间的关系再次跌落到了冰点。古斯塔沃死了，但沃尔特
1942年3月19日傍晚，一架载有笃信者的盟军飞机飞抵仰光机场，降落之时发现机场已被日军占领，奋起复飞，不料第二天最高当局却收到了飞机被击落的AAAA级电报，引起了当局极大恐慌，笃信者此次的使命是向中国战区最高当局送达一份绝密的行动方案及联络密码，当局命令军事情报部门不惜一切代价，查到失踪飞机和笃信者的下落。 笃信者此次携带的是此次轰炸东京的全部绝密计划，与太平洋上的航母编队以及与执行轰炸任务的轰炸机编队的联系密码，一旦这份文件落入日军手中，不但轰炸东京计划将失败，还会使得整个护送舰队沦为日军嘴里的待宰羔羊！ 笃信者受伤跳伞，降落到了日军海军第六航空基地驻守的三灶岛，被当地岛民营救并藏匿。日军对岛屿实施了严密的封锁，派人上岛营救几乎是天方夜谭。面对这个不可能完成的任务，军事情报部门不得不启动了一支长期静默的情报组，唤醒了驻扎日本的情报员伐木工----武穆一郎，让他以日本人的身份，用日本天皇皇宫侍从室调查员的名义，以调查日本海军大将大角岑生坠机事件为由，渗透进三灶岛！ 军事情报部门安排了一个与三灶岛岛民熟识的当地人作为助手协助武穆一郎取得岛民的信任，从而解救笃信者，而这个助手就是八路军留守处的见习女军医叶碧莹。 两位主人公在岛上面临日本人虎视眈眈的监视和试探，巧妙周旋。如何找到及护送笃信者及密码本逃出这个与世隔绝的海上监狱也成了最迫切的问题，在这次看似不可能的越狱过程中，两人的关系也在渐渐发生变化……
