“还记得，曾经拥有翅膀之时”回应那一万二千年前的情感之时，思念的心将联系在一起。当太阳、月亮以及火星再次相遇之时，全新的合体旋律再次响起――！湘南的海上飘浮的小岛，江之岛。座落于此处美丽寂静的海边，正是“私立江之岛学园”。一所集合全国各地优秀学子，并以最新机器实施英才教育的学园。其中被选入为特别强化班学生“元素人”的飒虎、璃美也、外史三人，被迫按照命令驾驶着一种以情感之力发动的战斗机（VECTOR MACHINE），与谜之侵略兵器“神话兽”进行战斗。在战斗的途中，飒虎在不可思议的幻象引导下，呐喊――。“想星合体！GO，Aquarion！”在反复轮回的最后，机械天翅Aquarion就此现身。背负宿命的少年少女们，在神秘团体“宇宙卵之会”及大人们的想法的交错复杂之中，逐渐发现这个宇宙的真相……。这是，一个以自身的情感与宇宙的存亡为赌注所编织出的，壮大般地爱之神话。