学校では空気な高校生、三森灯河はクラスメイトとともに勇者として異世界に召喚された。 女神ヴィシスによってクラスメイトたちが次々にＳ級、Ａ級と能力を見出される中、灯河は最低ランクであるＥ級と宣言され『廃棄』対象となってしまう。 生存率ゼロの遺跡に廃棄された灯河はハズレ枠と貶された【状態異常スキル】を駆使して遺跡脱出を試みる。 その日から、女神ヴィシスへの復讐の炎を宿した青年は人畜無害な人間をやめ、心の奥底に隠していた本性を明かしていく…… 「はじめようか、生存競争を」
性格内向的小学四年级男生阳向，默默喜欢着班上的人气女孩时雨。两人拥有着共同的爱好——喂养学校的小鸟。在一次偶然中，阳向和时雨开始有了接触，两人渐渐拉近了彼此间的距离。对未来发展充满希望的阳向在心中描绘着与时雨共处的美妙情景，然而天有不测风云，不久后对方要转校的消息传来，悲伤的阳向变得无精打采，却迟迟无法开口倾诉自己的感情。到了时雨即将离开的这一天，阳向终于打破了心中鸟笼的桎梏，下定决心奔跑起来。“我想说的是——我喜欢你，时雨同学！”阳光中的青时雨，与心中幻想的那只天鹅一同飞翔的阳向，能否将自己的心意传达给时雨呢？
突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
