これまでのクエストへの慰労として、真人たち一行は白瀬の招待でリゾートビーチにやって来た。水着姿で早速遊び始める一同。 もっとも真人だけは「母親と一緒に海水浴」を素直に楽しめない。そんな中、ひょんなはずみで、真人は頭を打って記憶喪失に！ 自分のことを「大事な人」と言う真々子を「美人のお姉さん」と認識し惹かれていく真人は、真々子の願いを次々と叶えてあげようとする。 その様子をしばらく見守っていたワイズやメディだったが、真人はこのゲームでの冒険に興味を失ってしまうマズイ状況に。 果たして記憶は戻るのか？
人类遭逢了名为“空间震”的新型灾害。震撼空间、将一切破坏殆尽的这一灾厄，是由于精灵自临界显现而发生的。为了阻止空间震，使人类免遭灾厄而必须采取的措施，是使用武力歼灭精灵，或者是——“与其约会，使其娇羞”！ 让精灵娇羞，再通过“亲吻”即可封印其力量——拥有这种能力的高中生·五河士道。为了人类的和平，也为了拯救精灵们——士道在和她们的“约会”中来回奔走。对士道敞开心扉的精灵·十香、四糸乃、琴里、耶俱矢、夕弦、美九，为歼灭精灵而行动的AST，企图利用精灵的DEM，尝试与精灵对话的拉塔托斯克，以及，需要令其娇羞的新精灵——将这一切全部卷入，新的战争约会开始了——
本次公开的第二季动画标题为《我的妹妹哪有这么可爱。》，乍看之下似乎与第一季没什么区别，其实区别就在于最后的一个“。”句号。本次有意将第一季标题加上句号作为第二季的标题，不得不令人联想第二季是否意味着真正完结？
