将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！ 这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！ 神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！
因犯事而被判入狱之弱智成年人肥猫获保释，社会工作者玛姬奉命派往照料肥猫，玛姬接肥猫出狱，并带他去离岛拜祭父母，因交通意外二人分开，肥猫独自流浪。肥猫得一老人五叔公收留，由于其简单乐观性格，很得村人好感，更化解老人与隔壁青年之误会，三人成为好友，肥猫快乐的渡过了一段时间。肥猫参加乡村表演，玛姬从电视看到，于是往乡村向老人讨回肥猫，谁知警察的突然介入让肥猫身受重伤。
