以面具反叛者ZERO之身份增强反布里塔尼亚势力·黑色骑士团的鲁路修,与被任命为第3皇女尤菲米娅之骑士的朱雀。各自增强实力的两人,迎来了命运的转机。身为11区副总督的尤菲米娅,宣布了行政特区“日本”的成立。行政特区日本的实现,意味着黑色骑士团存在意义的消失。为了打破这一状况,鲁路修尝试与尤菲米娅会面。为了所要守护之物而做好的觉悟。GEASS的代价。一缕希望与悠久野望一同遭到翻弄,使悲剧逐渐加速——
在牧野间长大的本须和秀树(杉田智和 配音)因不甘心投报东京的大学失败,毅然决定来东京上补习学校。在东京街头,秀树发现街上随处可见人形电脑,在这个时代无比流行。他们有着和人别无二致的漂亮模样,连皮肤的触觉都很柔软。 穷学生秀树也很希望拥有一台但碍于其高昂的价格,只能远观。夜晚在回公寓的路上,秀树在垃圾堆里发现了少女模样的人形电脑。秀树将其扛回家,启动开关的同时也至此改变了自己的人生。苏醒的人形电脑由于只会发出“叽”的声音,因此被命名为小叽(田中理惠 配音)。在秀树的教导下,小叽如同婴儿般渐渐成长,也让秀树发现了小叽与其它人形电脑的不同。有着自己意识,而非电脑程序操控的叽渐渐对秀树心生好感,但电脑与人,机器与肉体,复杂的情况让二人踯躅不前。除了秀树和小叽,还有其它人与人形电脑的故事,或悲伤或感动,在高科技的时代依然上演着最本真的温情故事。