2020年,网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是,人类所不知道的是,在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界,以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障,乱闪的信号灯、乱码的室外屏幕……新闻上报道是网络恐怖袭击。故事的主人公是住在东京近郊高层公寓的小学五年级生八神太一。为了准备周末的夏令营而一个人留在家中,去涩谷的母亲和妹妹八神光乘上了一辆无法停止的电车。为了救母亲和妹妹,太一急忙赶往涩谷,当他前往车站月台的瞬间发生了不可思议的现象,太一去了数码世界!孩子们与搭档数码兽相遇,一同面对未知的“冒险”!
位于南洋腹地的一个无名小岛,隐藏着一个科技发达的实验室。实验室中,一个未知的生命正在孕育。此前不久,疯狂的科学家们在某个远古遗迹提取到了最强宝可梦梦幻的基因,随后利用现代科技,提供基因提升改造,人工创造了无可匹敌的宝可梦——超梦。超梦诞生之初,对自己的命运倍感困惑,旋即暴走。但是一个心怀叵测的男人出现,用花言巧语哄骗了超梦,使其和自己联手操控世界。然而无论打败多少对手,超梦仍然充满困惑,不知自己是谁,为何拼命战斗,又为何降生于世。 当他的困扰达到顶点之际,超梦再度暴走,回到了当初诞生的小岛,心中充满了无限的憎恨……