位于南洋腹地的一个无名小岛,隐藏着一个科技发达的实验室。实验室中,一个未知的生命正在孕育。此前不久,疯狂的科学家们在某个远古遗迹提取到了最强宝可梦梦幻的基因,随后利用现代科技,提供基因提升改造,人工创造了无可匹敌的宝可梦——超梦。超梦诞生之初,对自己的命运倍感困惑,旋即暴走。但是一个心怀叵测的男人出现,用花言巧语哄骗了超梦,使其和自己联手操控世界。然而无论打败多少对手,超梦仍然充满困惑,不知自己是谁,为何拼命战斗,又为何降生于世。 当他的困扰达到顶点之际,超梦再度暴走,回到了当初诞生的小岛,心中充满了无限的憎恨……
在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后,地球圈取得了短暂的和平。这之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议,并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。